International audience Phylodynamics is a recent field that aims at using genetic sequence data to estimate epidemiological parameters such as the viral population growth rate, the number of infections in the population or even their duration. Its main underlying assumption is that the way viruses spread leaves marks in their genome. In this review, we first introduce the originality of phylodynamics inferences compared to 'classical' phylogenetic approaches. Then, we present the novelty of using phylogenies of infections compared to species trees, while giving some directions to infer of such objects. We discuss the birth of phylodynamics and its first successes, in order to present some of the questions the approach can address. Finally, we highlight some future challenges for the field.

La facilité croissante avec laquelle les gènes, voire les génomes, viraux sont séquencés a entraîné l'essor d'une discipline appelée phylodynamique. Celle-ci vise à utiliser les données de séquences génétiques pour estimer des paramètres tels que le taux de croissance de la population virale, le nombre d'infections ou même leur durée moyenne. L'hypothèse de travail est que la manière dont les virus se propagent laisse des traces dans leur génome. Dans cette revue, nous introduisons d'abord l'origina-lité des inférences en phylodynamique par rapport aux approches « classiques » en phylogénétique. Puis, nous présentons la nouveauté qu'ont constitué les phylogénies d'infections virales par rapport aux phylogénies d'espèces tout en donnant des pistes pour inférer ces phylogénies. Ensuite, nous retraçons la naissance de la phylodynamique et ses premiers succès, afin de passer en revue les différentes questions auxquelles l'approche permet de répondre. Enfin, nous présentons quelques défis pour la discipline.

Abstract