La lutte contre la destruction des écosystèmes et les efforts pour renforcer et renouveler les conditions de leur prise en charge collective reposent aujourd’hui sur trois fronts d’innovation disjoints : (1) la conception et l’utilisation de nouveaux outils d’évaluation des écosystèmes dans le champ de la conservation ; (2) le développement de nouvelles comptabilités socio-environnementales à l’échelle des organisations et (3) la mise à contribution des entreprises dans la protection du capital naturel. Cette thèse doctorale vise à les articuler en mobilisant la comptabilité comme pivot pour connecter les systèmes d’information écologique, les formes diverses d’organisation de l’action collective, et les initiatives et comptabilités des entreprises. Elle combine un travail de construction théorique et une recherche-intervention auprès d’une grande entreprise du secteur de l’environnement qui cherche à développer des activités de service dédiées à la qualité écologique des territoires. Nous proposons premièrement l’ouverture d’une nouvelle perspective d’innovation théorique et pratique, au croisement entre comptabilités et sciences de la conservation, et centrée sur la gestion collective de problèmes écologiques : le développement de « Comptabilités de Gestion pour les Ecosystèmes ». Nous montrons en quoi elles sont complémentaires de l’ensemble des autres types d’innovations comptables portant sur les écosystèmes. Nous proposons deuxièmement quatre grandes orientations organisationnelles et stratégiques pour penser et guider le développement de nouveaux modèles d’affaires de « services aux écosystèmes ». Afin de les compléter, nous ouvrons des pistes de conception de comptes et d’activités comptables pour accompagner une entreprise du secteur de l’environnement dans la négociation et la création collective de valeur écologique sur les territoires et dans la transformation de sa propre représentation et quantification de la valeur.