A travers le concordat et les Articles organiques l’État contrôle l’Église. En revanche, les congrégations bénéficient d’une certaine autonomie. En effet, grâce à la tolérance des pouvoirs publics pendant une bonne partie du XIXe siècle, elles se sont affranchies pour la plupart de la législation existante, dont l’application est peu à peu tombée en désuétude. A partir de 1879, les Républicains majoritaires au Parlement, veulent promouvoir les valeurs républicaines dont, à leur sens, la plus importante d’entre elles : la laïcité. Tous les politiques ont conscience de la nécessité d’octroyer une liberté d’association la plus large possible en préservant les libertés individuelles. Le principal obstacle réside dans les congrégations qui aliènent ces libertés par des vœux. Comment les inclure dans une loi d’ensemble tout en contrôlant étroitement leurs activités ? Que leur reproche-t-on ? D’une part, en raison de leur prosélytisme teinté de conservatisme, les congrégations sont soupçonnées de mettre en péril l’existence de la République naissante par leur action dans l’enseignement et tout particulièrement l’enseignement secondaire et supérieur supposé former l’élite de la nation. D’autre part, elles accaparent des biens à travers la constitution d’une mainmorte supposée très conséquente. Pendant trente ans, les nombreux gouvernements successifs tentent de légaliser le droit d’association avec une forme de reconnaissance réglementée des congrégations à travers de nombreux projets et propositions de lois qui n’aboutissent pas avant la fin du siècle. La loi du premier juillet 1901 est donc la conclusion d’un long processus d’élaboration qui conduit à une loi de liberté accolée à une loi d’exception qui exclut les congrégations religieuses du droit commun très libéral applicable aux associations civiles.