Nous proposons dans cette communication un protocole d'analyse des mots au niveau submorphémique susceptible de faire émerger des entités linguistiques incarnées (submorphèmes) aptes à rendre compte des pathologies et du ressenti des patients au moment de l'entretien avec le médecin. Ce protocole repose sur des corpus transcrits à partir d'entretiens médecins-patients au CHU de Clermont-Ferrand (France).