Les récentes crises économiques et financières mettent en débat les prescriptions de politiques dictées par les institutions financières internationales pour réguler les économies. Ces mêmes prescriptions de politiques économiques ont conduit à modifier l’organisation du système coton du Bénin dans le cadre des programmes d’ajustement structurel depuis 1991. L’objet de la thèse est d’analyser les effets de la libéralisation économique du système coton sur les règles de fonctionnement, les interrelations entre producteurs, la coordination économique et sur les mécanismes de prise de décisions, de choix de production et de répartition des ressources. Pour y répondre, nous avons mobilisé la théorie de l’économie institutionnelle dans sa version originelle avec une démarche comparative temporelle pour faire ressortir l’articulation marchand/non marchand. Nos résultats montrent que la stabilité institutionnelle et celle des transactions de répartition entre producteurs résultent de la formation de communautés d’acteurs qui ont encadré et contrôlé les relations marchandes et non marchandes en amont et en aval de la production cotonnière. En revanche, l’introduction de relations marchandes pour le contrôle des ressources dans la coordination depuis 2002 rend instable les institutions et les transactions de répartition. La multifonctionnalité du coton rendue possible par les institutions qui régulent les relations économiques des producteurs est négativement affectée. Il apparaît alors des tensions entre acteurs qui n’incitent plus à la production cotonnière ni aux productions non marchandes. A partir de différents niveaux de spécialisation cotonnière, les unités de production agricole adoptent de nouvelles stratégies quitte à remettre en cause les relations et valeurs de solidarité et la stabilité institutionnelle. Les choix de production et l’allocation des ressources sont déterminés simultanément par des considérations marchandes et l’appartenance à un groupe ou à une famille. La thèse conclut que si les institutions sont nécessaires pour la coordination économique et pour faire fonctionner les marchés, elles sont cependant amoindries lorsque les relations marchandes dominent les relations économiques. Il s’ensuit au cours des dernières années, une baisse de la production de coton qui fragilise l’économie du Bénin. Atteindre les objectifs de production cotonnière fixés par le gouvernement béninois suppose de conforter les institutions fragilisées par la libéralisation