Este trabalho é uma proposta metodológica de pesquisa avaliativa de programa de saúde, especificamente, o Programa Nacional de Controle de Tuberculose (PNCT) no Brasil. Portanto, não consiste de apresentação de resultado de uma pesquisa em avaliação, embora tenha se valido desta para produzir esta reflexão. Avaliação é reconhecida por seu potencial de contribuição para tomada de decisão, formulação e reformulação de políticas de saúde, tendo em conta que o Ministério da Saúde em sua política programática utiliza-se do PNCT. Deste modo, este trabalho objetiva fornecer uma visão geral teórico-metodológica de avaliação de programa, utilizando-se da epidemiologia como ferramenta para esta produção. Como proposta de avaliação do desempenho do Programa Nacional de Controle de Tuberculose, sugere-se a análise de cluster, incluindo indicadores de processo e de resultado. Estes indicadores podem representar a operacionalização do programa por meio dos resultados estabelecidos como meta ou daquilo que se espera que seja alcançado por um programa com bom funcionamento. Do mesmo modo, os indicadores de processo devem revelar o modo de atuação do programa, na execução das ações consideradas básicas para seu funcionamento, e para alcançar sucesso no controle da tuberculose. Com esta proposta identifica-se que a análise de cluster possibilita encontrar diferenças de desempenho em municípios que teoricamente teriam as mesmas possibilidades, e assim responder ao programa como é o seu processo e os resultados que esta alcançando.