En 1609, Felipe III decide expulsar a los moriscos de los reinos hispanos en oleadas sucesivas. Esta medida, inédita hasta entonces, es tomada tras varias décadas de debate respecto de su conveniencia y legitimidad. En el presente trabajo, analizaré el lugar que ocupó en dicho debate la referencia al proceso evangelizador ultramarino, sobre todo en Indias. ¿Cómo podía ser posible que el ímpetu misionero que se extendía incluso hasta la China y el Japón se diluyera ante los «infieles-bautizados» que habitaban dentro del propio territorio peninsular? El proyecto catequístico y pastoral orientado a convertir a la población morisca que habitaba la Península pronto llegaría a su fin, a comienzos del siglo XVII. Intentaré mostrar que esta decisión que finalmente se impone puede mejor comprenderse a la luz de la puja confesional dentro del territorio europeo que en relación con un proyecto imperial al que poco se adecuaba. Es decir, la política escogida de cara a los moriscos no respondería en absoluto al proyecto de expansión transocéanica de las fronteras imperiales –y del catolicismo junto a ellas– sino a su indeseada retracción al interior de Europa.