La sustentación del proyecto de tesis doctoral es una situación que genera estrés con múltiples manifestaciones físicas y comportamentales. En este artículo se analizó la respuesta autonómica de estrés en estudiantes de doctorado en una defensa de su proyecto de tesis doctoral. El estudio conto con una muestra de 16 estudiantes de doctorado, a quienes se les analizó la variabilidad de la Frecuencia Cardiaca en estado basal y en la defensa de su proyecto para evaluar su respuesta autonómica de estrés. Se evidencio que los estudiantes presentaron un aumento en la modulación autonómica simpática en la exposición a la defensa de su proyecto de tesis doctorado, debido a la disminución de los valores de Porcentaje de diferencias entre R-R adyacentes normales intervalos mayores de 50 ms (PNN50) = 15.2±13.7 y la dispersión longitudinal de los puntos, respectivamente, obtenidos a partir del gráfico de Poincaré (SD1) = 34.0±22.2 y SD2= 77.1±42.8 durante la defensa de su proyecto de tesis. Podemos concluir que con base en los resultados obtenidos el incremento de la modulación simpática, por parte de los estudiantes de estudiantes de doctorado evidencia una baja capacidad adaptativa por parte de ellos a situaciones de alto nivel de estrés como sería la defensa de la propuesta de tesis doctoral, aspecto este que autores previos han relacionado con impedimentos en el rendimiento académico en estudiantes pregrado y posgrado pero que no están inmerso dentro de una actividad investigativa lo cual pone de manifiesto la necesidad de diseñar programas de regulación y entrenamiento del control y manejo del estrés en estudiantes de pregrado y posgrado. Esto permitirá mejorar los resultados académicos en contextos de educación superior como el evaluado en el presente trabajo.