Le questionnement anthropologique se trouve très tôt au coeur des débats sur l'évangélisation des populations non chrétiennes. À la fin du XIXe siècle, l'expansion des missions outre-mer, les difficultés de développement auxquels la propagation chrétienne se trouve confrontée entraînent vers un positionnement plus marqué et vers la nécessité d'une étude et d'une connaissance plus approfondies des populations et des cultures matérielles. Parallèlement, l'anthropologie comme science disciplinaire, sociale et culturelle, apparaît en Amérique puis en Europe. Dans ce contexte, émergent des figures importantes pour l'anthropologie culturelle, notamment Wilhelm Schmidt qui fonda la revue Anthropos en 1906. Le musée constitue une étape dans cette approche et connaissance des cultures extra-occidentales faites par les missionnaires. À partir de l'étude des musées missionnaires de Lyon et Rome, cet article propose d'analyser les rapports entre fait missionnaire et les sciences anthropologiques. Les personnalités de Wilhelm Schmidt (musée du Latran) et de Francis Aupiais (Société des missions africaines, Lyon) permettront d'éclairer la démarche du missionnaire ethnologue, mais aussi de mettre l'accent sur la nature complexe du couple fait missionnaire et institution muséale. Il s'agit de comprendre quel type de discours proposent ces musées missionnaires.