Pour élaborer une histoire des idées, nous avons à comparer des concepts énoncés par des auteurs différents, à des moments différents et dans des contextes discursifs différents. Une élaboration scientifique d’une telle histoire nous contraint à formaliser ces comparaisons, d’abord en isolant les entités à comparer, ensuite, en objectivant les caractères selon lesquels se fera cette comparaison. Si une telle démarche est réalisable, alors il devient possible de représenter les relations entre concepts au travers de graphes qui pourront faire émerger de nouvelles lignes de cohérences dans ces relations. Comme nous nous inscrivons dans le temps d’une histoire, une question particulièrement importante est celle de savoir si le partage de caractéristiques similaires – une proximité relationnelle – peut s’interpréter comme le signe d’une ascendance commune des concepts. En d’autres mots, est-il d’abord légitime et ensuite possible de concevoir une phylogénie des concepts savants  ?