Souvent conçus à l'extérieur des organisations, la question de l'appropriation des outils de gestion à l'intérieur des organisations se pose. Comprendre l'appropriation d'un outil de gestion ne se limite pas à en observer l'usage. Les étapes préalables à l'usage, qui ont conduit à l'adoption de l'outil, doivent être appréhendées. Afin de ne pas occulter les interactions entre outil(s) et acteur(s), il est essentiel de considérer l'outil comme inséré dans un dispositif, un ensemble d'objets, de règles et d'acteurs. Enfin, observer le passé et le présent sans envisager le futur est en contradiction avec une conception de l'organisation comme en perpétuelle construction. Afin de prendre en compte l'ensemble de ces aspects, cette thèse développe une méthode d'observation, pour caractériser la trajectoire d'appropriation d'un dispositif de pilotage dans une organisation. Trois étapes sont essentielles : la caractérisation des dispositifs, une analyse ex ante de ce qui a conduit à cet état, et l'identification des capacités de l'organisation en termes d'appropriation. Ces trois analyses combinées permettent d'envisager une trajectoire appropriative pour le dispositif étudié. Appliquée aux dispositifs de pilotage de la recherche à l'université, cette méthode révèle un découplage de forme et de sens entre les dispositifs de pilotage des laboratoires et celui de l'administration centrale. Ce découplage, certes inévitable du point de vue institutionnel et organisationnel, est en fait utile pour le processus d'appropriation ; c'est un temps de latence qui permet la construction de sens et de forme. Pour prolonger ce processus d'appropriation, l'université doit développer les capacités d'appropriation, en favorisant les interactions. En effet, sans un re-Couplage lâche des dispositifs de pilotage de la recherche, un processus de déconstruction de sens risque de s'enclencher.