On trouve dans Chrétiens sans Église une masse d’informations considérable pour étudier l’histoire de la déconfessionnalisation (entendu par là le processus de désaffiliation à l’égard des appartenances confessionnelles) au début de l’époque moderne, alors même que l’auteur prétend vouloir écarter de son étude les mouvements conduisant à la sortie de la religion. Cet excès de l’enquête eu égard au projet énoncé est symptomatique d’une série d’instabilités théoriques et méthodologiques : une instabilité disciplinaire – entre philosophie et histoire – ; des instabilités de méthode entre la construction de modèles idéaux et un travail historiographique empirique, entre interprétation structurale et explication génétique ; une instabilité philosophique entre matérialisme historique et phénoménologie existentielle. On fait alors l’hypothèse que ces instabilités révèlent une démarche duplice à l’égard de l’idéologie communiste, faite à la fois d’adhésion et de dissidence. Chrétiens sans Église, qui travaille la question de la trahison des mouvements révolutionnaires dans leur institutionnalisation pourrait alors être lu comme une sorte d’archéologie masquée des racines chrétiennes du communisme.