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Thesis

Spanish

ID: <

http://hdl.handle.net/10251/50024

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Optimización de marcadores moleculares para el manejo de un conjunto de líneas de introgresión de Solanum lycopersicoides en el fondo genético del tomate cultivado

Abstract

[ES] Solanum lycopersicoides es la especie más alejada del tomate cultivado, S. lycopersicum, con la cual ha sido posible obtener descendencia fértil a partir del híbrido interespecífico. Un grupo de investigadores desarrolló una colección de líneas de introgresión (ILs) de S. lycopersicoides en el fondo genético del tomate cultivado, S. lycopersicum. Esta colección constituye una herramienta útil para la cartografía de caracteres de interés. Debido a problemas de esterilidad, parte de las líneas deben mantenerse en heterocigosis. Para el manejo y evaluación de la colección es necesario disponer de marcadores moleculares que permitan determinar la presencia del fragmento de S. lycopersicoides en las líneas segregantes. El objetivo del presente Trabajo Final de Máster ha sido validar un conjunto de marcadores CAPS para el manejo de la colección de ILs, descritos en trabajos previos realizados por el grupo de investigación. Algunos de estos marcadores habían sido probados únicamente en los dos parentales de la colección de ILs (S. lycopersicum VF-36 y S. lycopersicoides LA2951); resultaba necesario comprobar, en estos casos, si en los individuos heterocigotos se producía amplificación preferencial de uno de los alelos. Para el resto de marcadores se trataba de confirmar las condiciones de la amplificación, así como el patrón de bandas correspondiente a cada genotipo. Se realizó la amplificación mediante PCR y la digestión mediante enzimas de restricción en los casos en que era necesario, a partir de los parentales de la colección de ILs y el híbrido interespecífico 90L4178-1. Para algunos de los marcadores para los que previamente no se había descrito una enzima de corte específico que generase polimorfismo, se probaron algunas enzimas de restricción. Para 25 de los 34 marcadores analizados se ha obtenido producto de amplificación en ambos parentales y el híbrido interespecífico en las condiciones previamente descritas. Cuatro de los marcadores analizados (C2-20, CT75, TG230 y TG46) han producido una amplificación inespecífica en las condiciones previamente descritas, para otros cuatro marcadores (CT67, TG244, TG342 y C2-22) no se ha obtenido producto de amplificación para alguno de los genotipos en las condiciones previamente descritas y para el marcador C2-21 la amplificación ha sido de mala calidad. Se ha detectado polimorfismo a nivel de la amplificación mediante PCR en cinco de los 25 marcadores que han amplificado correctamente en las condiciones previamente descritas, distinguiéndose los tres genotipos. Para 18 de los 20 marcadores restantes ha sido necesario digerir el producto de amplificación empleando una enzima de restricción previamente descrita, mientras se han probado nuevas enzimas para los dos marcadores restantes y para un marcador que no ha generado polimorfismo tras la digestión con la enzima previamente descrita. Para nueve de los 18 marcadores los fragmentos obtenidos tras la digestión coinciden con los previamente descritos, distinguiéndose los tres genotipos. Seis de los nueve marcadores restantes han permitido la diferenciación de los tres genotipos, siendo el patrón de bandas diferente al obtenido por otros autores. Por último, dos marcadores (CT190 y C2-3) no han generado polimorfismo entre los genotipos y para uno (CT233) no ha sido posible obtener fragmentos claros tras la digestión. De las enzimas probadas por primera vez, solo se ha observado polimorfismo entre los tres genotipos tras la digestión con la enzima de restricción MseI en el marcador CT115. Por tanto, 21 marcadores (C2-2, CT188, TG498, TG176, TG302, C2-19, TG337, C2-1, C2-6, C2-7, C2-15, TG510, TG497, C2-33, C2-10, TG393, C2-5, C2-8, TG63, TG303 y CT115) pueden ser utilizados para analizar la segregación en líneas de introgresión que presentan el fragmento introgresado en heterocigosis. Para poder emplear los marcadores CT190, TG114, C2-3 y CT233 sería necesario encontrar una enzima que generase polimorfismo entre VF36 y LA2951, comprobando posteriormente que en el híbrido se amplifican ambos alelos de forma eficiente. Estárlich Sáez, M. (2013). Optimización de marcadores moleculares para el manejo de un conjunto de líneas de introgresión de Solanum lycopersicoides en el fondo genético del tomate cultivado. http://hdl.handle.net/10251/50024 Archivo delegado

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