Originaire de l’Est de la France, la famille Halphen vit à Paris et Versailles. Officier et remarquable mathématicien, le père meurt prématurément comme trois de ses fils, dont deux tués à la guerre. Les mariages des trois filles confirment une appartenance à la bourgeoisie juive. Se distinguant d’un milieu tourné vers les sciences « exactes », l’historien à qui les ressources familiales ont permis de retarder l’engagement dans la vie professionnelle, a déjà abondamment publié lorsqu’il est nommé à l’université de Bordeaux. Sa production s’éloigne alors de l’étude minutieuse des sources des temps des premiers Capétiens et des Carolingiens, et il prend, avec son collègue Sagnac, la direction d’une collection d’histoire universelle en 20 volumes, dont il rédige seul deux des trois affectés au Moyen Âge. Retourné à Paris, il voit son travail consacré par les honneurs, mais menacé dès 1941 par l’antisémitisme, il trouve de 1941 à 1943, un refuge à l’université de Grenoble en zone non occupée par les Allemands. Les épreuves ne l’empêchent pas de produire un ouvrage majeur sur Charlemagne, mais hâtent sa fin.