Las estadísticas de matriculación en carreras de ciencia, tecnología, ingeniería y matemática (STEM) evidencian una gran infrarrepresentación de las mujeres en la mayoría de estas disciplinas, especialmente en física e ingeniería. En este estudio se analiza el interés de niñas y niños de Educación Primaria (n = 733) por el contenido de disciplinas científicas de física y de biología utilizando un método de análisis cuantitativo basado en técnicas de agrupamiento por conglomerados K-Medias, analizándose las diferencias en las actitudes de los estudiantes hacia la ciencia escolar en función de su interés por estas disciplinas científicas. Los resultados revelan la existencia de un perfil actitudinal sesgado sexualmente, caracterizado por un alto interés por contenidos propios de ciencias biológicas y un bajo interés por el aprendizaje de la física por parte de las niñas, y resultados opuestos en el caso de los niños. Además, en comparación con los niños, las niñas han mostrado menos interés por contenidos de física, han sido mayoría en los perfiles actitudinales caracterizados por un bajo interés general por contenidos científicos y han sido minoría en los perfiles caracterizados por un alto interés por ambas disciplinas. Estos resultados parecen mostrar que el interés por disciplinas científicas de física o de biología empieza a forjarse desde niveles elementales del sistema educativo, hecho que podría dar lugar a la posterior segregación de género en las disciplinas STEM. Se discuten las implicaciones educativas y de investigación de estos resultados.