El presente trabajo propone una metodología para la ejecución de los apoyos informáticos que se realizan en las diferentes acciones de control en las entidades del sector público dentro del ámbito de control de la Delegación Provincial del Cañar de la Contraloría General del Estado. Para el desarrollo del trabajo realizado, se consideran los diferentes acuerdos y disposiciones vigentes por la Contraloría General del Estado y las normas de Control Interno emitidas en el año 2009, basadas en Marcos de Referencia Internacionales COBIT 4.1 e ITIL.  A partir de la referencia del manual de Auditoria Gubernamental emitido por la misma Contraloría, y sus tres grandes fases: Planificación, Ejecución e Informe, se propone una metodología de 5 fases, pero a diferencia de los modelos tradicionales de Auditoria, dicha propuesta cuenta con una permanente comunicación de resultados, a fin de disminuir el impacto de los posibles hallazgos de carácter emergente, y proceder con soluciones inmediatas durante el tiempo asignado para la acción de control.  En base de los resultados de las pruebas realizadas de la metodología propuesta, se ha verificado que se han cumplido de manera objetiva la tarea de auditoria, apoyando a la mejora de los servicios públicos soportados en Tecnología de Información y la implementación de nuevas aplicaciones en beneficio de la ciudadanía que utiliza estos servicios. Este modelo tiene la finalidad de ser aplicado en la provincia del Cañar y ser replicado a nivel Nacional en las diferentes Delegaciones Provinciales y Direcciones Regionales de la Contraloría General del Estado.   Abstract This paper proposes a methodologyfor the implementation of computer supports that are made in the various action of control in public sector entities within the scope of control of the Provincial Delegation of Cañar of General Comptroller. For development work, is considered the various agreements and regulations for the Comptroller General and Internal Control Standards issued in 200, based on the Framework of International COBIT 4.1 and ITIL. From the reference manual of Government Auditing issued by the Comptroller, define three phases: Planning, Implementation and Reporting, but the methodology proposed have 5-phase, different of traditional models of Audit, the proposal has ongoing communication of results, in order to lessen the impact of possible findings emerging nature, and proceed with immediate solutions during the time allotted for the control action. Based on the results of the tests of the proposed methodology, it has been verified that have been fulfilled objectively the task of auditing, supporting the improvement of public services supported in Information Technology and implementation of new applications benefit of citizens who use these services. This model aims deer be applied in the province of Cañar and be replicated at the national level in the different delegations considered provincial and Regional Offices of the Comptroller General