El objetivo de este artículo es analizar el papel de las concesiones de agua subterránea inscritas en el Registro Público de Derechos de Agua, como instrumento de planeación para el agua subterránea en la cuenca del río Ayuquila-Armería. Se utilizó una base de datos de dicho instrumento, con los registros de 1994 a 2015, para examinar el uso y el volumen de agua consumido en ese lapso en las concesiones otorgadas. A partir de 2009 hubo un incremento en estas variables y una disminución acelerada de la disponibilidad de agua en los acuíferos, por lo que algunos se consideraron “sobreexplotados”. Se concluye que la delimitación administrativa de los acuíferos no contribuye a entender la dinámica geohidrológica, y que dicho instrumento no está funcionando para la planeación y el control, por lo que es necesario revisar la gestión actual del agua subterránea, y promover un cambio hacia una visión integral de ella, de acuerdo con la teoría de los sistemas de flujo.