La sostenibilidad de la cadena de valor de cacao en el Perú resulta importante, porque se encuentra relacionada directamente con el crecimiento económico de las familias productoras de cacao y pueden tener la posibilidad de salir de la pobreza.  Los factores identificados en las cooperativas APPROCAP en Piura y ACOPAGRO en San Martín, que favorecen la sostenibilidad de esta cadena, son la diversidad de material nativo y su alta calidad, respectivamente. Ambas características son reconocidas en mercados especializados que pagan mejores precios por estos cacaos, lo que ha favorecido además su producción continua. El desarrollo de capacidades a los socios productores, así como la asociatividad son también factores importantes en ambas cadenas que han favorecido su sostenibilidad. Las políticas nacionales sobre cacao en el Perú deben poner más atención a sus diferentes cacaos a pesar de que muchos de ellos, los nativos, tengan menos volumen productivo pero mucho valor de biodiversidad y a la vez económico.