L’installation du pouvoir ottoman en Asie Mineure et en Grèce n’est évidemment pas une réalité uniforme aux 13e et 14e siècles, et des tensions existaient, à l’intérieur même de l’islam comme dans les sphères du pouvoir byzantin. Dans les écrits chrétiens de cette période, une meilleure connaissance des sources apporte un éclairage sur des relations complexes entre islam et christianisme. Au milieu du 14e s., le témoignage de l’action et des œuvres de Grégoire Palamas, un temps prisonnier des Turcs, et de Jean VI Cantacuzène, empereur puis moine, montre qu’au plan religieux, des tentatives de dialogue existent. L’apologie de la foi chrétienne et la critique sévère de « l’autre » sont cependant dominantes, alors même qu’un certain pragmatisme politique conduit à des alliances avec le nouveau pouvoir.