Le moustique Aedes aegypti est le principal vecteur des virus de la dengue (DENV) et du Zika (ZIKV). Il devient urgent de développer de nouveaux outils pour réduire la transmission des virus à l’homme par ce culicidé. Un domaine prometteur concerne les bactéries associées aux moustiques vecteurs : le microbiote bactérien. Nous émettons l’hypothèse que la variabilité naturelle des propriétés biotiques et abiotiques des gîtes peut façonner le microbiote des moustiques, et influencer indirectement des traits phénotypiques liés à leur aptitude à transmettre les virus. Nous avons montré que les larves d’Ae. aegypti de Guadeloupe et de Guyane ont un microbiote qui leur est propre, influencé par les propriétés physico-chimiques et les communautés bactériennes présentes dans l’eau de leurs gîtes respectifs. Nous avons montré qu'Ae. aegypti de Guadeloupe est capable de transmettre le DENV et différentes souches de ZIKV avec des efficacités contrastées selon la souche virale. Enfin, les larves d'Ae. aegypti ont été exposé à des microbiotes bactériens contrastés afin d'évaluer leur impact sur le microbiote des adultes, leur compétence vectorielle et leur survie. Nous avons trouvé des différences significatives dans la transmission de ZIKV entre les moustiques issus de gites aux microbiote bactériens distincts. Des différences de survie selon le microbiote du gîte larvaire et le repas sanguin infectieux ont également été observé. Ces travaux de thèse améliorent les connaissances sur la dynamique des communautés bactériennes d’Ae. aegypti et son impact dans sa capacité vectorielle, dans le but d'identifier des bactéries pour réduire la transmission des virus par Ae. aegypti.